Фамилия Нигорожина — женская форма фамилии Нигорожин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, от которого она образована. Модель типична для русских фамилий: основа плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Нигорожина). Сама основа — Нигорожа — звучит необычно и явно не относится к частотным славянским именам.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Нигорожа, которое могло сложиться из двух частей: «ни» (отрицание) и «горожа» (житель города, горожанин). В древнерусском языке слово «горожа» (или «горожанин») обозначало человека из города, в отличие от сельского жителя. Прозвище Нигорожа, таким образом, могло означать «не горожанин», то есть «деревенский», «сельский». Так могли назвать человека, который переселился в город из деревни и сохранял сельские привычки, или, наоборот, того, кто сторонился городской жизни.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «нигорожа» в значении «неурожай» или «бесплодная земля». В этом случае прозвище могло закрепиться за крестьянином, чей участок давал плохой урожай, или за человеком, родившимся в неурожайный год. Однако первый вариант — от «не горожанин» — выглядит более естественным для прозвищного имени, так как такие противопоставления (городской — деревенский) были распространены.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия формировалась в северных и центральных русских землях, где эта модель была преобладающей. В южных регионах чаще использовали суффикс -ов/-ев. Географически Нигорожины могли быть выходцами из районов, где было сильное противопоставление города и деревни, например, из-под Новгорода или Пскова, где горожане составляли особое сословие. Точных данных о распространении фамилии в исторических документах мало, но её редкость говорит о том, что прозвище не стало массовым и, вероятно, было локальным.

Таким образом, предок современных Нигорожиных — человек, которого в глаза или за глаза называли Нигорожей, подчёркивая его сельское происхождение или нелюбовь к городу. Фамилия сохранила это бытовое прозвище, превратив его в родовое имя.