Фамилия Никешкина образована от производной формы крестильного мужского имени Никита - Никешка. Скорее всего, основатель рода Никешкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никешка со временем получил фамилию Никешкина.