Фамилия Никешкин — это классический пример русской «патронимической» фамилии, то есть образованной от имени отца. Если коротко: предок носителя этой фамилии носил имя или прозвище Никешка, а его дети и внуки стали «Никешкиными». Само имя Никешка — это просторечная, обиходная форма канонического церковного имени Никита, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для центральной России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей ты будешь?» — «Никешкин», то есть сын, внук или потомок Никешки. Такая модель с суффиксом -ин чаще встречается в северных и центральных русских говорах, тогда как на юге и западе страны предпочтение отдавали суффиксу -ов/-ев. Поэтому, хотя фамилия встречается повсеместно, её корни стоит искать именно в северорусских или владимиро-суздальских землях.

Имя Никита в народной среде пережило множество трансформаций. Помимо Никешки, в ходу были формы Никитка, Никиша, Микита, а от каждой из них по тому же принципу возникали самостоятельные фамилии: Никитин, Никишов, Микитин, Никешин. Фамилия Никешкин, таким образом, стоит в одном ряду с этими «родственниками», но сохранила более архаичный, уменьшительно-ласкательный оттенок. Само имя Никита в переводе с греческого означает «победитель», так что в основе фамилии лежит пожелание победы или прозвище, данное в честь святого покровителя.

О точном месте и времени возникновения конкретно этой фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XVI по XIX век, и шёл неравномерно. Сначала фамилии закрепились за знатью и купечеством, затем за крестьянами, которых массово «офамиливали» после отмены крепостного права в 1861 году. В случае с Никешкиными, скорее всего, фамилия закрепилась в крестьянской или мещанской среде, где прозвищные имена были особенно живучи.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Никешкин — это памятник не столько славянской письменности, сколько живой народной речи. Она донесла до нас ту форму имени, которую реально использовали в быту наши предки, а не ту, что писали в церковных метриках. Это своего рода слепок разговорного языка прошлого, где строгое церковное Никита превращалось в домашнее, тёплое Никешка.