Фамилия Никешина происходит от мирского имени Никеша — так в старину в быту называли человека с крестильным именем Никита. Это уменьшительная форма, которая возникла естественным путём в живой речи: полное церковное имя было длинным для повседневного общения, поэтому его сокращали и переделывали на свой лад. Подобные «домашние» варианты — Никеша, Никиша, Микиша — встречались в разных регионах России и дали начало целому ряду фамилий.

Фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: Никешина буквально значит «дочь или жена Никеши». Первоначально так называли ребёнка, чаще дочь, по имени отца или главы семьи, а затем это прозвание закрепилось за родом в целом. Мужской вариант фамилии — Никешин, и оба они встречаются в документах примерно с XVII–XVIII веков, когда фамилии начали массово закрепляться среди крестьян и посадских людей.

Само имя Никита имеет греческие корни и переводится как «победитель». Оно было очень популярно на Руси, поэтому неудивительно, что от него возникло множество производных форм и фамилий: Никитин, Никитинский, Никишов, Микитин и, конечно, Никешин. Интересно, что форма Никеша могла появиться и под влиянием других имён с похожим звучанием, например Никодим или Никандр, но для фамилии Никешина основным источником ономасты считают именно Никиту.

Стоит обратить внимание на то, что фамилия Никешина чаще встречается в центральных и северных областях России, где были распространены уменьшительные формы имён на -еша. В южных говорах более типичны были варианты на -иша, поэтому там чаще встречается фамилия Никишин. Это различие в произношении и написании помогает проследить, откуда родом предки той или иной семьи.

Сословного ограничения у фамилии не было: Никешиными могли быть и крестьяне, и мещане, и служилые люди. Поскольку имя Никита не было исключительно дворянским или царским, фамилия распространена довольно широко, но не относится к числу самых частых. В архивных записях встречаются упоминания крестьян Никешиных в писцовых книгах и метрических книгах церквей разных губерний.

Если говорить о значениях, то фамилия не несёт в себе прозвищного смысла — она чисто патронимическая, то есть указывает на отца. Это отличает её от фамилий, образованных от ремёсел, внешности или характера. Никешина — это фамилия-наследие, которая сохранила память о конкретном человеке по имени Никеша, жившем несколько столетий назад.