Основой фамилии Никешина послужило мирское имя Никеша. Фамилия Никешина образована от мирского имени Никеша, которое представляет собой уменьшительную форму крестильного мужского имени Никита. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никеша, со временем получил фамилию Никешина.