Фамилия Никешена — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов, -ев или -ин, что сразу наводит на мысль: перед нами не типичная крестьянская или дворянская фамилия центральной России, а скорее вариант, сложившийся на стыке культур или в результате адаптации иноязычного имени.

Скорее всего, основа фамилии — имя Никеша. Это не каноническая церковная форма, а народная, разговорная версия крестильного имени Никита. В русских говорах имя Никита часто «обкатывали» до Никеши (как Микита — Микеша). Суффикс -ен- в данном случае не типичный русский патронимический (как в Иванов), а скорее указывает на иную модель образования: возможно, это форма родительного или принадлежного падежа в языках финно-угорской группы (коми, удмуртском, марийском) или в некоторых говорах русского Севера, где -а на конце — показатель женского рода или фамилия застыла в форме «чей?» — Никешен.

Таким образом, Никешена могла означать «жена Никеши» или «из рода Никеши». Вторая версия — фамилия могла возникнуть в среде, где фамилии образовывались от прозвищ с уменьшительным суффиксом, а окончание -а закрепилось под влиянием местных диалектов (например, в Прикамье или на Вятке). Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одной или нескольких соседних деревнях.

Географически фамилия фиксируется в основном в Пермском крае и Кировской области — регионах, где исторически смешивалось русское и финно-угорское население, что объясняет нестандартную форму. Предки Никешеных, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а фамилия передалась по мужской линии от человека по имени Никеша — невысокого, юркого или просто любимого в семье Никиты.