Фамилия Никешин образована от имени Никеша, которое представляет собой уменьшительную форму крестильного мужского имени Никита. Это имя пришло в русский язык из греческого языка и означает «победитель». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никеша, со временем получил фамилию Никешин.