Фамилия Ныкешкина звучит редко и необычно, и это не случайно: перед нами, скорее всего, вариант фамилии, образованной от прозвища, которое в свою очередь связано с диалектным словом. Основа фамилии — «Ныкешк-», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Ныкешкин, то есть потомок человека по прозвищу Ныкешка. В русской ономастике суффикс «-ин» типичен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я (ср. Пушкин, Ильин).

Самая вероятная версия происхождения прозвища Ныкешка — от глагола «ныкать». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «ныкать» означало «прятать, таить, скрывать» или «ходить крадучись, прятаться». Соответственно, Ныкешкой могли называть скрытного, тайного человека, либо того, кто прятал что-то (например, припасы). Уменьшительно-ласкательный суффикс «-ешк-» (как в словах «сыночек», «дружочек») придаёт прозвищу оттенок скорее бытовой, семейный, а не грубый. Встречаются и родственные фамилии — Ныканов, Ныкин, Ныкалов, но Ныкешкин стоит особняком из-за редкого суффикса.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем Никита. В некоторых диалектах имя Никита могло произноситься как «Ныкита» (с «ы» вместо «и»), а от него образоваться уменьшительная форма Ныкешка. Однако для фамилий на -ин от имён на -а типична форма «Никитин», а не «Ныкешкин», поэтому эта версия слабее.

Фамилия явно недворянская и не из числа распространённых «географических» на -ский. Она возникла в крестьянской или мещанской среде, где прозвища давали по характеру или поведению. Географически корни фамилии, скорее всего, лежат в северных областях России (Архангельская, Вологодская, Кировская) или в Сибири, куда переселенцы принесли северные говоры.

В документах фамилия встречается крайне редко, что подтверждает её локальное происхождение. Для носителя фамилии Ныкешкина это означает, что его предки, вероятно, жили в относительно замкнутой общине, где прозвище закрепилось за родом из-за яркой черты характера основателя — того самого «ныки», который умел хранить секреты или прятаться от лишних глаз.