Фамилия Никилякин происходит от личного именования Никиляка — так в старину могли в быту, по-простому, называть человека, носившего крестильное имя Николай. Греческое имя Николай складывается из двух основ: nika — «побеждать» и laos — «народ», поэтому его нередко переводят как «победитель народов». Уменьшительно-ласкательные и просторечные формы на -яка в русской традиции встречались часто: достаточно вспомнить аналогичные по строению имена и прозвища вроде Ваняка или Коляка. Фамилия же закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ин: Никилякин буквально значит «сын Никиляки».

Однако у именования Никиляка есть и другая, менее очевидная версия, уводящая нас в тюркскую языковую среду. В ряде тюркских наречий встречается основа, связанная с обрядом мусульманского бракосочетания — «никеле-», то есть «сочетать браком по мусульманским канонам». Если следовать этой гипотезе, прозвище Никиляка мог получить человек, так или иначе причастный к заключению брачных союзов, например, тот, кто выступал свидетелем или распорядителем обряда. В этом случае фамилия отражала бы не имя, а род занятий или социальную роль предка.

Есть и третье объяснение, тоже тюркское. Словом «никелей» в некоторых регионах называли ребёнка, рождённого вне брака. Такое прозвание, пусть и нелестное по смыслу, вполне могло закрепиться за основателем рода, а затем перейти в фамилию. Из трёх версий наиболее правдоподобной выглядит первая — связь с именем Николай. Она опирается на привычную для русской ономастики модель образования прозвищ от календарных имён, тогда как тюркские гипотезы хотя и любопытны, но требуют допущений о межэтнических контактах, которые для каждой конкретной семьи нужно проверять отдельно.

Сам суффикс -яка придавал именованию фамильярный, домашний оттенок. Такие формы чаще бытовали в крестьянской и мещанской среде, где полное церковное имя казалось слишком торжественным для повседневного обихода. Со временем прозвище Никиляка, данное одному человеку, закрепилось за его детьми и внуками, и уже они стали писаться Никилякиными. Фамилия эта редкая, в общероссийских справочниках массового распространения не получила, что типично для прозвищ, возникших в пределах одной местности или даже одной семьи.