Фамилия Никилев — редкий пример того, как имя Никита могло дать неожиданную словообразовательную ветвь. Если в основе лежит крестильное имя Никита (в переводе с греческого «победитель»), то ожидаемая фамилия от него — Никитин. Но здесь сработала другая модель: к имени добавили суффикс -ев, который обычно присоединяют к основам на мягкий согласный или -й. В имени Никита конечный звук твёрдый, поэтому -ев выглядит нестандартно. Вероятнее всего, Никилев — это «стянутая» форма отчества Никитич или фамилии Никитин, где конечный слог отпал, а суффикс адаптировался к произношению. Вторая версия — основа не имя, а прозвище Никило, которое могло означать «упрямый, как бык» (от диалектного «никилить» — упираться, гнуть своё). В этом случае фамилия образовалась по правилу: прозвище на -ило + фамильный суффикс -ев.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской и Нижегородской губерниям, где диалектная форма «Никило» встречалась в деловой переписке XVII века. В документах той поры можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем — например, в переписных книгах Устюжского уезда. Сословного барьера у фамилии не было: её носили и государственные крестьяне, и мелкие служилые люди, но в дворянские родословные книги она не попала. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что фамилия сложилась не в центральных помещичьих усадьбах, а в среде, где на произношение влияли местные говоры.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Никитин, Никитский, Никитюк — показывает, что Никилев стоит особняком. Это не вариант Никитина, а самостоятельная форма, возникшая в условиях, когда отчество или прозвище записывали на слух. Если ваш предок носил фамилию Никилев, он, скорее всего, происходил из среды севернорусского крестьянства, где имя Никита обросло местными уменьшительными вариантами, а письменная фиксация закрепила нестандартный суффикс.