Фамилия Никитаенко — яркий пример украинской модели образования фамилий. В её основе лежит каноническое крестильное имя Никита (от древнегреческого «никетес» — победитель), а суффикс -енко указывает на происхождение по отцу: «сын Никиты» или «потомок Никиты». Это самый распространённый фамильный формант в восточной и центральной Украине, который в XVII—XVIII веках почти вытеснил другие способы образования фамилий.

Интересно, что при одном корне с русской фамилией Никитин (суффикс принадлежности -ин) Никитаенко несёт иную социальную нагрузку. Русские фамилии на -ин чаще фиксировали крестьян и мещан, тогда как украинские на -енко в XVIII—XIX веках активно формировались у казацкой старшины и свободных крестьян, не знавших крепостного права. В реестрах Запорожской Сечи или метрических книгах Полтавщины Никитаенко мог означать не просто «внук Никиты», а конкретного человека, чей отец носил это имя.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду однокоренных украинских вариантов: Никитченко, Никитенко, Никитюк. Разница в суффиксах (-енко, -ченко, -юк) отражает местные диалектные особенности или степень адаптации имени. Никитаенко — форма, в которой основа имени осталась почти нетронутой, без усечения или добавления дополнительного «т», что встречается реже, чем, например, Никитенко.

В российском контексте фамилия Никитаенко встречается заметно реже, чем на Украине, и часто указывает на миграцию в XVIII—XIX веках: переселенцы с Левобережья или Слобожанщины оседали на Кубани, Дону, в Поволжье. Поэтому для потомка носителя этой фамилии география предков почти наверняка сужается до южнорусских или украинских губерний — Черниговской, Полтавской, Харьковской или Екатеринославской.