Фамилия Никкеров образована от христианского мужского имени Никанор. Это имя пришло в русский язык из греческого языка. Оно имеет две основы: nikao – «побеждать» и aner – «мужчина». Таким образом, полный русский перевод имени Никанор звучит как «мужчина-победитель». В основе данной фамилии лежит производная форма этого имени – Никер. Удвоение согласной «к» в фамилии, возможно, стало результатом ошибки чиновников при ее регистрации в документах. Одним из святых покровителей данного имени считается апостол и диакон Никанор, совершавший богоугодные деяния вместе со своими соратниками, святыми апостолами и диаконами Прохором, Тимоном и Парменом. Таким образом, потомок человека, которого звали Никкер, со временем получил фамилию Никкеров.