Фамилия Никкин — редкий пример, когда на слух она звучит как типичная русская фамилия на -ин, но по происхождению почти наверняка не славянская, а финно-угорская. Дело в суффиксе: -ин указывает на принадлежность («чей?»), но основа Никк- не имеет убедительного славянского корня. В русском языке нет слова «никка» или прозвища «Никка», которое могло бы дать такую фамилию. Зато в карельском, вепсском и финском языках есть слово «nikka» — «хитрец», «ловкач», «пройдоха». В северных говорах это слово проникло и в русскую речь, но именно как заимствование.

Словообразовательная модель проста: прозвище Никка (Хитрец) плюс притяжательный суффикс -ин дало фамилию Никкин, то есть «сын (или человек) Никки». Похожим образом образованы карельские фамилии Хуттунен, Лайдинен, но с финским суффиксом -нен. В русской передаче суффикс заменили на привычный -ин. Поэтому Никкин — типичный пример обрусевшей фамилии прибалтийско-финского происхождения, которая встречается в основном на северо-западе России: в Карелии, Ленинградской, Вологодской и Архангельской областях.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от канонического имени Никита через его уменьшительную форму Никка. В русских говорах действительно встречается стяжение «Никита» в «Ника», «Никка», но обычно такие формы дают фамилию Никитин или Никанов. Никкин от Никиты — возможный, но очень редкий путь, потому что суффикс -ин здесь присоединился бы к усечённой основе, что нетипично для русской антропонимии. Правдоподобнее всё же прозвищная версия от «хитреца».

В сословном плане Никкины, скорее всего, не были дворянами. Фамилия происходит из крестьянской или мещанской среды — из тех мест, где русское население веками жило бок о бок с карелами и вепсами. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» нет. Это фамилия простого человека, которого за глаза называли Никка — ловкачом или хитрецом, и прозвище приросло к роду навсегда.