Фамилия Никольникова в основе своей почти наверняка связана с именем Никола — простонародной, усечённой формой канонического имени Николай. Так звали не только в России, но и у южных славян, где эта форма была особенно распространена. Само имя восходит к греческому Nikolaos, которое складывается из двух корней: nika — «побеждать» и laos — «народ». То есть Николай — это «победитель народов». Отсюда же, кстати, пошёл и глагол «николить» — то есть «гулять», «праздновать», «пьянствовать»: так говорили про разгульное веселье в Николин день.

Но фамилия Никольникова образована не напрямую от имени, а через промежуточную ступень — слово «никольник». Так могли назвать сына или домочадца Николы, то есть буквально «Николин человек». Однако у этого слова было и второе, прозвищное значение. Никольником в народе могли окрестить любителя праздной жизни, гуляки, того, кто часто «николит». В этом случае фамилия — не от имени, а от характера: прозвище Никольник закреплялось за человеком, а уже его потомки получали фамилию Никольниковы.

Какая версия правдоподобнее? Обе имеют право на существование, и тут важно понимать, как вообще работала модель образования фамилий. Суффикс -ник в русском языке активно использовался для обозначения человека по его отношению к чему-то: например, «путник» — тот, кто в пути, «трудник» — тот, кто трудится. По аналогии «никольник» — это человек, так или иначе связанный с Николой: либо его ребёнок, либо его свой человек. Но поскольку форма Никольник встречается в документах и как самостоятельное прозвище, версия о гуляке не выглядит натяжкой. Скорее всего, в разных семьях фамилия возникла независимо и по разным поводам, а потом слилась в одну.

Суффикс -ов в окончании указывает на типичную русскую патронимическую модель: Никольникова — это «дочь или жена Никольника». Для женской формы фамилии это стандартное окончание, которое не меняет смысла исходной мужской основы.

Отдельно стоит сказать, что фамилия Никольников/Никольникова не слишком частая, но и не редкая. Она встречается в центральной России и в Поволжье, что согласуется с широким распространением имени Никола в этих регионах. В отличие от фамилий вроде Никольский, которые указывали на принадлежность к храму или селу, Никольниковы — это фамилия «личная», идущая от конкретного человека по имени или прозвищу.