Фамилия Никомаров — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, образованное от греческого слова «никомахос» (νικόμαχος), что означает «победитель в битве». Однако в русском быту это слово переосмыслили и сократили. Вероятнее всего, Никомаром называли человека, который постоянно одерживал верх в спорах, кулачных боях или военных стычках. Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «сын Никомара», то есть потомок этого бойца или задиры.

Словообразовательная модель здесь необычна. В отличие от типичных фамилий на «-ов» от канонических имён (Иванов, Петров), основа «Никомар» — это усечённая форма греческого «Никомах». Полная форма «Никомахов» встречается, но гораздо реже, и она сохраняет первоначальное звучание. А вот «Никомаров» — результат народного упрощения: окончание «-ос» отбросили, а корень подогнали под привычную славянскую модель. Такое явление в ономастике называют «адаптацией заимствованного прозвища».

Географически фамилия привязана к южнорусским и украинским землям, особенно к бывшей Екатеринославской губернии и области Войска Донского. Там греческие корни не редкость из-за исторических контактов с греческими поселенцами и влияния церковных имён. Никомаровы могли быть потомками казаков или крестьян, получивших прозвище за воинскую доблесть или неуступчивый характер.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «никяр» (пятнистый, пёстрый) или «ныкар» (слуга, раб). Но эта гипотеза слабая: фонетически «Никомаров» плохо ложится на тюркские модели, а суффикс «-ов» в таком случае выглядит искусственным. Греческое происхождение остаётся основным, подтверждённым и словарём Б. Унбегауна, где подобные адаптации греческих прозвищ описаны как типичные для юга России.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в записях о крестьянах и мещанах, реже — о духовенстве. Дворянских родов Никомаровых не зафиксировано, что говорит о её простонародном бытовании. Сегодня фамилия остаётся малочисленной: по данным современных переписей, её носят не более нескольких сотен человек, в основном на юге России и в восточной Украине.