Фамилия Никошенко — один из примеров того, как на стыке украинской и русской традиций рождаются фамилии, которые трудно разложить на части с первого взгляда. Корень здесь — Никош-, и он почти наверняка восходит к имени Никита или его просторечным формам. В украинском и южнорусском говоре имя Никита нередко сокращали до Никоша (как Миша от Михаил или Коля от Николай). Суффикс -енко в фамилии — классический для Украины и юга России: он указывает на потомка, сына. То есть Никошенко — это «сын Никоши», а Никоша, в свою очередь, — ласкательное или обиходное имя от Никиты.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Никоша от глагола «никать» (опускаться, клониться) или от слова «никой» (какой-то, неопределенный). Но для фамилии, зафиксированной в украиноязычной среде, именная основа выглядит убедительнее. Сравните с однокоренными фамилиями: Никитенко, Никишин, Никошин — все они от одного имени, но с разными суффиксами и диалектными вариантами.

Географически Никошенко — типичная фамилия для центральной и восточной Украины, а также для тех областей России, куда шла миграция с Украины (Кубань, Поволжье, Сибирь). В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто встречаются среди казаков, мещан и крестьян, но сословная принадлежность не была строгой: Никошенко мог быть и сыном сельского священника, и ремесленником.

Интересная деталь: в русском языке ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Нико́шенко, хотя в украинском произношении возможен вариант с ударением на третий слог (Никоше́нко). Это не ошибка, а отражение местной фонетики. Если вы ищете предков, стоит обратить внимание на метрические книги и ревизские сказки Полтавской, Черниговской или Харьковской губерний — там фамилия фиксируется с конца XVIII века.