Фамилия Никшины — редкий пример, где на слух не сразу угадываешь, от какого корня она пошла. В основе здесь не «ник» и не «шина», а краткая форма редкого крестильного имени Никифор. В быту, в крестьянской и мещанской среде, полное имя сокращали до Никша — по той же модели, что Антон превращался в Антошу, а Матвей в Матюшу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Никшины — буквально «чьи?» — дети, потомки Никши. Такую фамилию могли дать по отцу: если главу семьи звали Никша, то его сыновья в документах записывались как «Никшины дети», а со временем прозвище закрепилось за всем родом.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная, но за ней скрывается любопытная деталь: имя Никифор в переводе с греческого означает «несущий победу», однако в народном обиходе оно сократилось до почти неузнаваемого Никша. Это типично для русских фамилий, где церковное имя «обрусевало» до бытового прозвища. Подобным образом возникли, например, Микшины (от Никита через Микша) или Тикшины (от Тихон). Фамилия Никшины могла бытовать в регионах, где был распространён северный или поволжский говор — там любили усекать имена до коротких форм.

Других версий происхождения, которые бы всерьёз конкурировали с этой, нет. Связывать фамилию с географическим названием (вроде реки Никша) или с тюркским корнем маловероятно: ареал фамилии и её звуковой облик указывают именно на славянскую ономастику. Никшины — не дворянский род, не купеческая династия, а скорее потомки крестьян или посадских людей, чей предок носил простое, но звучное прозвище по имени. В современных справочниках фамилия встречается редко, что делает её особенно ценной для тех, кто ищет свои корни: она не «замылена» массовым носительством и хорошо сохраняет первоначальную форму.