Фамилия Никшин принадлежит к распространённому в России типу фамилий на -ин. Формант -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Никшин, то есть сын или потомок Никши. Основа здесь — краткая форма крестильного имени.

В основе фамилии лежит каноническое имя Никита (от греческого «никетес» — победитель). В народной речи имя Никита часто сокращали до Никша, Ника. Такие усечённые формы были обычны для бытового общения: они короче и удобнее для повседневного употребления. От варианта Никша с помощью притяжательного суффикса -ин и образовалась фамилия Никшин. Буквально: «маленький Никша» или «сын Никши».

Менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «ник» (пятно, метка) или с диалектным словом «никша» — так в некоторых говорах называли мелкую рыбу или непоседливого человека. Однако против этой гипотезы говорит массовость фамилий от имени Никита: Никитин, Никишин, Никитский, Микитин. Никшин — явно их фонетический родственник, но с более редкой усечённой основой. Если бы исходным словом было прозвище, мы бы встретили больше носителей в конкретном регионе, а фамилия Никшин встречается разрозненно, что типично для «патронимической» модели.

География фамилии не привязана к одной области: Никшины встречаются в Поволжье, на Урале, в центральных регионах. Это тоже говорит в пользу происхождения от имени — такие фамилии возникали повсеместно, а не в одном локальном очаге. Сословно предки Никшиных могли быть крестьянами, мещанами или служилыми людьми — фамилия не несёт указаний на аристократическое происхождение, её формант -ин типичен для всех слоёв населения, кроме высшего дворянства.