Фамилия Нисапова — редкий случай, где женская форма (на -а) закрепилась как исходная, а мужской вариант Нисапов встречается реже. В русской традиции фамилии на -ов/-ев образуются от мужских прозвищ или имён, но в данном случае основа Нисап не имеет очевидной славянской этимологии. Это указывает на восточное, скорее всего тюркское происхождение.

Корень Нисап восходит к арабскому слову «нисаб» (نِصَاب) — «доля, пай, квота», а в более широком смысле — «установленный размер» или «количество». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, слово «нисап» (или «нэсэп») означало «доля, часть наследства» или «справедливое распределение». Таким образом, прозвище Нисап могли дать человеку, который занимался дележом имущества, земельных наделов или был сборщиком податей, — своего рода «дольщик» или «учётчик». В мусульманской среде слово также связано с понятием «закят» — обязательная доля имущества в пользу бедных, так что предок мог быть ответственным за сбор этой милостыни.

Географически фамилия Нисапова встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также среди казанских и сибирских татар. Иногда она фиксируется у чувашей и башкир, что подтверждает её булгаро-тюркские корни. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия не встречается — это более позднее образование, возникшее после массового перехода татар на русскую модель фамилий в XIX — начале XX века.

Суффикс -ов в фамилии Нисапова — не исконно тюркский, а привнесённый русским делопроизводством. В оригинале прозвище звучало как Нисап, а при записи в метрических книгах или ревизских сказках к нему добавили стандартный русский патронимический суффикс. Интересно, что в некоторых татарских родах сохранилась форма без суффикса — просто Нисап, что ближе к исходному тюркскому слову.

Сословная принадлежность носителей фамилии чаще всего — государственные крестьяне или мещане. Дворянских родов Нисаповых в гербовниках не зафиксировано, что типично для фамилий тюркского происхождения, возникших в крестьянской среде.