Фамилия Нисаев — редкая и неочевидная. На слух она кажется тюркской или кавказской, но при разборе по составу выясняется, что перед нами типичная русская модель фамилии на -ев, образованная от имени или прозвища. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Нисаев, то есть сын или потомок Нисая.

Корень Нис- в русских фамилиях встречается редко. Самое вероятное объяснение — это усечённая форма крестильного имени. В святцах есть мужское имя Денис (от греческого Дионисий). В народной речи имя Денис часто сокращали до Нис, отсюда Нисай — ласкательная или обиходная форма, а затем и фамилия. Такой путь прошли и другие фамилии: Денисов, Денисьев, а Нисаев — более редкий вариант от той же основы. Суффикс -ай характерен для русских прозвищных и уменьшительных имён: Минай (от Мина), Купай, Толмай.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «ниса» или «нися» — в некоторых диалектах так называли младшего, маленького, либо производное от арабского имени Ниса (с ударением на «и»), означающего «женщина». Но в русской среде такое имя почти не встречалось, а фамилия Нисаев известна именно в русских регионах — например, в записях по Пензенской и Саратовской губерниям XIX века.

Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская. В дореволюционных метрических книгах Нисаевы встречаются среди государственных крестьян. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, и это нормально: большинство русских фамилий — именно такие, бытовые, образованные от имени предка, которого в деревне звали Нисаем.