Фамилия Нишпора — редкая и необычная для русского уха. Её главная загадка в том, что она почти наверняка не славянского происхождения, а потому разбирать её по привычной схеме «прозвище + суффикс» было бы ошибкой. Скорее всего, мы имеем дело с фамилией, которая сохранила исходное слово почти без изменений, без типичных русских окончаний -ов, -ин или -ский.

Наиболее правдоподобная версия связывает Нишпору с румынским или молдавским языком. В румынском слово „nişpor“ (или близкое к нему „nişpoară“) имеет значение «слива» или «сливовое дерево». В диалектах Молдовы и восточной Румынии так могли называть небольшой сорт слив, часто используемый для приготовления цуйки (сливовой водки). Таким образом, прозвище Нишпора мог получить либо садовод, выращивавший сливы, либо человек, живший у заметного сливового дерева, либо даже любитель сливового напитка. Фамилии, образованные от названий плодовых деревьев (Вишня, Груша, Слива), в славянской среде встречаются часто, но здесь мы видим прямой заимствованный корень, который не переосмысливался.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — это искажённая запись фамилии Нишпоренко или Нишпорук. Если предок носителя был выходцем с украинских земель, его фамилия могла «обрубеть» при переезде в другую местность или при записи в документы. Однако окончание -а в русском и украинском языке часто характерно для фамилий польского или белорусского происхождения (например, Коваль, Гура), но Нишпора не вписывается и в этот ряд.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу бывшей Российской империи — Бессарабии, Подолью, Херсонщине. Именно там, в зоне смешения молдавского, украинского и русского населения, могли возникнуть подобные «одиночные» фамилии, не получившие широкого распространения. Носителей Нишпоры сегодня крайне мало, и они, скорее всего, являются потомками одного рода, закрепившего за собой это редкое прозвище.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: в ней нет суффикса принадлежности, она не склоняется по падежам как типичная русская фамилия (Нишпору, Нишпорой), а ведёт себя как субстантивированное прозвище. Это дополнительный аргумент в пользу того, что перед нами не переоформленное славянское имя, а застывшая иноязычная основа.