Фамилия Нишута — одна из тех, где основа неочевидна, а суффикс заставляет задуматься. В русской ономастике фамилии на -ута — редкость. Обычно такой суффикс указывает на украинское или белорусское происхождение, где он служит для образования прозвищ или имен с уменьшительно-ласкательным оттенком. Сравните: Марута, Кривута, Хмута. Соответственно, Нишута могло быть прозвищем человека, которого называли «нищим» — в значении бедный, неимущий, либо тот, кто прикидывается нищим. В старину такое прозвище могли дать и попрошайке, и человеку, который вёл аскетичный образ жизни, и даже хитрому крестьянину, прибеднявшемуся ради выгоды.

Есть и другая версия, менее очевидная, но лингвистически допустимая. Основа «ниш-» может восходить к диалектному глаголу «нишать» — то есть становиться тихим, притихать, замирать. В некоторых говорах «ниша» означала тишину, покой или даже затишье перед бурей. Тогда Нишута — прозвище тихого, молчаливого, спокойного человека. Эта версия менее распространена, но не лишена смысла: в ряде регионов России и Беларуси слово «ниша» фиксировалось именно в таком значении, а суффикс -ута как раз и закреплял прозвище за человеком.

Фамилия встречается крайне редко. Основной ареал — западные области России (Брянская, Смоленская), а также восток Беларуси. Это неудивительно: именно на этих землях активно смешивались русские и белорусские говоры, и фамильные модели с суффиксом -ута встречаются чаще, чем в центральной России. Сословного барьера у Нишуты нет: прозвище могли дать и крестьянину, и мещанину. В дворянских родословных эта фамилия не засветилась — скорее всего, предки носителя были людьми простыми, без чинов и поместий.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Нишута стоит особняком. Есть фамилия Нищев (от «нищий»), Нищенко (украинская модель), но Нишута — именно прозвищная форма, которая не перешла в стандартную патронимическую модель на -ов/-ин. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в том виде, в каком её дали — как личное прозвище, без переоформления. Такое случалось, если прозвище было очень ярким или если семья жила в глухой местности, где не было строгой канцелярской записи.