Фамилия Нисимиянов — редкий пример фамилии, образованной от восточного имени через греко-славянский суффиксальный мостик. В основе лежит мужское имя Нисими (араб. نسيمي — «лёгкий ветерок», «дуновение»), распространённое в тюрко-мусульманской среде, особенно у азербайджанцев и народов Дагестана. К нему добавился греческий суффикс -ан, который в русской традиции часто оформлял фамилии выходцев из Закавказья и Малой Азии (ср. Арутюнян, Карапетян). А затем — типично русское фамильное окончание -ов, присоединённое по модели «отец — сын»: Нисимиян → Нисимиянов.

Такой гибрид — не редкость для XIX века, когда армянские, греческие и тюркские семьи, переходя в православие или просто адаптируясь к имперскому делопроизводству, русифицировали свои фамилии. Суффикс -ов в данном случае не указывает на славянское происхождение, а лишь на то, что носитель фамилии или его отец были записаны в метрические книги с русским окончанием. Географически фамилия тяготеет к югу России: встречается в Ставропольском крае, Ростовской области, а также среди армянской диаспоры Краснодара.

Важно не путать основу с персидским поэтом-мистиком Имадеддином Насими (XIV–XV вв.), чьё имя пишется через арабскую букву «сад» и означает «посвящённый», «сокровенный». Нисими — другое слово, с другим корнем. В русских документах обе формы могли смешиваться, но этимологически Нисимиянов — «сын того, кого звали Ветерок», то есть прозвище могло даваться подвижному, быстрому человеку или ребёнку, родившемуся в ветреную погоду.

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовные лица. Известных исторических фигур с такой фамилией не зафиксировано, что только подчёркивает её локальный, семейный характер.