Фамилия Нисимов — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного славянского корня, и её разбор сразу уводит нас в область еврейской ономастики.

Основа фамилии — мужское личное имя Нисим. Это вариант имени Ниссан, которое восходит к библейскому названию месяца нисан (авив) по еврейскому календарю. В Танахе этот месяц упоминается как время исхода из Египта и праздника Песах. Имя Нисим (или Ниссим) означает «чудеса» (множественное число от слова «нес» — чудо). Таким образом, имя-основа несёт пожелательный смысл: чтобы жизнь человека была полна чудес или чтобы он сам стал чудом для своей семьи.

Фамилия образована по продуктивной для восточноевропейских евреев модели: к имени Нисим прибавили патронимический суффикс -ов. В Российской империи, где большинство еврейского населения проживало в черте оседлости, при записи в ревизские сказки и метрические книги фамилии часто русифицировали именно таким способом — добавляя окончание -ов или -ев к отцовскому имени. Нисимов буквально означает «сын Нисима».

Географически фамилия тяготеет к территориям бывшей черты оседлости: Украине, Белоруссии, Молдавии (Бессарабии). Встречается она и в варианте Ниссимов (с удвоенной «с»), что ближе к ивритскому произношению, но в русской записи закрепилась форма с одной «с». Путать её с фамилией Никифоров или Никитин не стоит — корень тут совершенно другой.

В отличие от многих фамилий, у Нисимова нет альтернативных «ремесленных» или «прозвищных» версий. Это чистый патроним, и его история — это история имени, которое родители давали сыну в надежде на божественную помощь и удачу.