Фамилия Нисковска — редкая в русском контексте, и её разбор стоит начать с окончания, а не с корня. Форма на -ска (а не -ская) выдает польское или, шире, западнославянское происхождение. В русской традиции фамилии такого типа обычно пишутся через -ская (Нисковская), но в польском языке прилагательные женского рода теряют «-я-» и оканчиваются на -ska. Таким образом, Нисковска — это почти наверняка польская фамилия, принесённая на восток в результате миграций или после разделов Речи Посполитой. Мужской вариант звучал бы как Нисковски (Niskowski).

Корень «ниск-» восходит к польскому niski — «низкий». В основе фамилии лежит прозвище: Низкий. В славянской ономастике такие прозвища давали не столько по росту (хотя и это возможно), сколько по характеру или поведению — смиренный, покладистый человек. Встречается и топонимическая версия: «низкий» могло означать «живущий в низине», «с низины». Тогда фамилия Нисковски образована от названия местности — села или хутора с корнем Низк- (например, Низки, Низково).

Суффикс -овск- (в польском -owski) — типичный для шляхетских фамилий. В Польше и в западных губерниях Российской империи фамилии на -ский/-цкий считались дворянскими или, по крайней мере, указывали на владение землёй. Поэтому предок-носитель фамилии Нисковски мог быть мелкопоместным шляхтичем или крестьянином, получившим фамилию по названию своего имения.

В русском обиходе фамилия Нисковска встречается редко и чаще всего у женщин, чьи мужья или отцы носили польскую фамилию Нисковски. В документах XIX — начала XX века её могли записывать на слух, без учёта польской орфографии, что породило варианты Нисковская, Нисковска, а иногда и Нисковцова.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: современная Польша, Беларусь, запад Украины, а также к Литве (историческая Виленщина). В России носители Нисковска встречаются в основном в Калининградской области, Санкт-Петербурге и Москве — результат послевоенных переселений и урбанизации.