Фамилия Нистулин — редкая, её происхождение не лежит на поверхности, и однозначного толкования нет. Чтобы разобраться, нужно посмотреть на неё с двух сторон: на суффикс и на возможную основу.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. То есть в основе фамилии лежало слово «Нистула» или «Нистуля». Это могло быть либо прозвище, либо производная форма какого-либо имени.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках, особенно в казахском, башкирском и татарском, есть основа «ныс» или «нысты» — со значением «сырость», «влага», «мокрота». Прозвище Нистула могли дать человеку, жившему у воды, на болотистой местности, либо тому, кто работал с водой (например, перевозчик или рыбак). Суффикс -ул в тюркских именах часто образует уменьшительно-ласкательные или прозвищные формы. Таким образом, Нистулин — это «сын Нистулы», потомка человека, которого прозвали за связь с водой или сыростью.

Менее убедительна, но возможна версия от греческого имени Нестор. В народной речи имя Нестор могло превратиться в «Нестула», а затем, через акающее произношение (когда «е» звучит как «и»), в «Нистула». Однако это объяснение требует допущения нескольких фонетических изменений, что делает его менее вероятным, чем тюркская гипотеза.

Географически фамилия Нистулин встречается редко, но преимущественно на юге России и в Поволжье — в регионах, где исторически сильны тюркские влияния. Это косвенно подтверждает первую, тюркскую версию происхождения.

Таким образом, с высокой долей вероятности предки Нистулиных получили свою фамилию от прозвища, данного по месту жительства или роду занятий, связанных с водой. Фамилия сохранила в себе память о диалектном слове, которое сегодня почти не встречается в живом языке.