Фамилия Нистулина — редкий случай, когда суффикс -ин и окончание -а сразу выдают женскую форму. Мужской вариант, от которого она образована, — Нистулин. А вот с основой сложнее: корень «нистул-» в русском языке не встречается ни как нарицательное слово, ни как диалектный географический термин. Это сразу подсказывает, что фамилия, скорее всего, не славянского происхождения, а пришла из другого языка.

Самый вероятный след ведёт в тюркские языки. Основа «нистул» могла возникнуть из личного имени или прозвища. Например, в казахском, татарском или башкирском есть имя Нияз (Ниязгул, Ниязбек), а «тул» или «тол» означает «полный», «цельный» или «вдовец» (ср. татарское «тол» — вдова). Сочетание могло дать прозвище «Нистул» — человек, связанный с полнотой, достатком или, наоборот, с вдовством. Но это лишь реконструкция: документальных подтверждений такому имени в старых переписях почти нет.

Другая версия — фамилия могла возникнуть от искажённого географического названия. В Поволжье и на Урале есть несколько топонимов с корнем «нист» или «нис» (например, река Ниста, село Нистрово), и переселенцы могли получить прозвище «Нистул» по месту выхода. Со временем суффикс -ин превратил его в фамилию.

В русской ономастике фамилии на -ин обычно указывают на принадлежность («чей?» — сын Нистула). Если основа тюркская, то носители фамилии Нистулин (и Нистулина) могли быть потомками поволжских татар, башкир или чувашей, которые перешли в православие и получили русскую фамилию по отцовскому прозвищу. Встречаемость фамилии крайне низкая: по открытым базам данных, она фиксируется в единичных случаях, в основном в Оренбургской области и Татарстане. Это подтверждает версию о локальном, возможно, семейном происхождении.

Сравнение с однокоренными фамилиями ничего не даёт: «Нистулин» стоит особняком, не образуя гнезда с Нистовыми, Нистюковыми или Нистряковыми. Такая изолированность — дополнительный аргумент в пользу того, что перед нами не усечение от более длинной фамилии (вроде Нистулаев или Нистулатов), а самостоятельное образование от редкого прозвища.