Фамилия Ниткалиева — одна из тех, где корень с первого взгляда обманчив. Никакого отношения к нитке или шитью она не имеет. Это классический пример фамилии, образованной от личного имени, и её география сразу указывает на тюркские корни, скорее всего, казахские или башкирские.

Основа фамилии — мужское имя Ниткали. Это сложносоставное имя, типичное для мусульманской ономастики. Первая часть «Нит» — это фонетический вариант арабского слова «дин» (вера, религия). Вторая часть — «кали» (от арабского «али» — высокий, великий). Вместе имя Ниткали, или Динкали, можно перевести как «вера великого» или «высокая вера». Суффикс «-ев» (в женском варианте «-ева») — стандартный русский патронимический формант, который присоединялся к тюркским именам при оформлении фамилий в XIX–XX веках, особенно в среде казачества или при переходе на оседлый образ жизни.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Нитка́лиева. Хотя в бытовой речи встречаются варианты с ударением на «и» или на «е», исходное имя Ниткали́ подразумевает ударное «а». Встречаются однокоренные фамилии: Ниткалин, Ниткалиев, а также более редкая форма Ниткалиева без изменения — в женском роде она может оставаться неизменяемой, если фамилия не обрусела до конца.

По сословному происхождению носители фамилии Ниткалиева — это, как правило, потомки крестьян или казаков из южноуральских и западносибирских регионов, где активно смешивались тюркские и славянские традиции. Фамилия недворянская, не купеческая, а народная, что делает её особенно ценной как маркер конкретной этнической и социальной среды.