Фамилия Нижикиойская — редкая и сложная по составу, почти наверняка искусственного, книжного происхождения. Её основа — топоним, то есть название географического объекта, оформленное по модели, характерной для дворянских или духовных фамилий.

Ключевая часть фамилии — «Нижикиой». Это искажённое или адаптированное название населённого пункта. Скорее всего, перед нами молдавское или румынское название села — Нижний Киой (от «киой» — село, хутор в тюркских языках, заимствованное в румынский). В Бессарабии, которая входила в состав Российской империи, такие названия встречались. Формант «-ская» — типичный суффикс для фамилий, образованных от географических названий, особенно у дворянства и духовенства. Окончание «-ая» — русская грамматическая флексия, указывающая на женский род носительницы по отцу или мужу.

Фамилия могла возникнуть двумя способами. Первый — через семинарскую традицию: в духовных училищах и семинариях выходцам из сёл часто давали фамилии по названию родного места. Второй — через помещичью практику: владелец имения мог получить фамилию по названию своего поместья. Учитывая, что «Нижикиой» — не русское, а балканское или тюркское название, вероятнее всего, фамилия принадлежала потомкам священников или дворян, чьи корни уходят в Бессарабию или соседние земли.

Носителей фамилии Нижикиойская в современной России крайне мало. Это нетипичная, почти штучная фамилия, которая не попала в массовые справочники. Её разбор показывает, что предки, скорее всего, были людьми грамотными и связанными с церковью или с землевладением в юго-западных губерниях империи.