Фамилия Нижикиойский — редкий случай, когда географическое происхождение можно восстановить почти с полной уверенностью. В её основе лежит топоним, а суффикс -ский прямо указывает на дворянский или шляхетский способ образования: так в Речи Посполитой и Российской империи оформляли фамилии владельцев поместий или выходцев из конкретного местечка.

Корень «Нижикиой» — это искажённое тюркское название. Скорее всего, речь идёт о бывшем селе или хуторе с названием типа Нижний Кой, Нижи-Кой или Нижикиой (от тюркского «кой» — деревня, село). Такие топонимы встречаются в степной зоне Украины, в Молдавии и на юге России — регионах, где в XVIII–XIX веках селились болгарские, гагаузские и сербские переселенцы, а также выходцы из Османской империи. Приставка «нижи» могла означать «нижний» (славянское влияние) или быть частью исходного названия, записанного на слух.

Фамилия могла принадлежать обрусевшему дворянину невысокого ранга, получившему поместье с таким названием, или священнику, которого по месту службы записали как Нижикиойского. Второй вариант правдоподобнее: фамилии на -ский у духовенства в XIX веке часто образовывали от названий сёл, где стояла церковь. Дворяне с такой фамилией — редкость, в родословных книгах она не упоминается.

Написание фамилии нестабильно: в метрических книгах и ревизских сказках можно встретить варианты Нижикиойский, Нижикёйский, Нижнекиойский. Двойное «и» в первом слоге — результат слияния предлога или частицы с корнем, что типично для фамилий, записанных с чужой речи. Сегодня носители фамилии встречаются в основном в Одесской области и Молдавии, что подтверждает привязку к историческому региону Буджак.

Если ваши предки носили эту фамилию, ищите их в исповедных ведомостях и клировых ведомостях церквей Бессарабской губернии — именно там мог сохраниться след села, давшего фамилию.