Фамилия Нижурина — женская форма, а в основе лежит мужская фамилия Нижурин, которая образовалась по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Нижурин — это «сын Нижуры» или «человек из семьи Нижуры». Само же прозвище Нижура — редкость, и его разбор сразу даёт ключ к происхождению.

Корень здесь — «ниж-», который в русских говорах имеет два основных значения. Первое, прямое: «низкий», «находящийся внизу». Второе, переносное: «смирный», «тихий» или, напротив, «приниженный», «забитый». Прозвище Нижура могли дать человеку невысокого роста, тому, кто жил в низине, или же человеку с покладистым, неконфликтным характером. Суффикс -ур- в прозвищах встречается нечасто, он придаёт слову оттенок просторечия и, возможно, некоторой пренебрежительности — как в словах «мишура» или «ханурик». То есть Нижура — это не просто «низкий», а скорее «низенький», «коротышка» или «тихоня».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным глаголом «нижать» (в значении «нанизывать», «вдевать нитку»). В таком случае Нижурой могли прозвать портного, сапожника или мастера, который постоянно работал с иглой и ниткой. Однако эта гипотеза слабее: глагол «нижать» в русских говорах редок, и прозвища от него обычно образуются иначе (например, Нижник, Нижальщик).

Географически фамилия Нижурин (и Нижурина) тяготеет к центральным и северным областям России, особенно к Вологодской и Архангельской губерниям, где диалектное слово «нижура» в значении «тихоня» фиксируется словарями. Встречается она и в Поволжье, но уже как переселенческая. Среди носителей фамилии не было известных дворянских родов — это крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась за одной семьёй в конкретной местности и не получила широкого распространения по стране.