Фамилия Ночкина образована от прозвища или нецерковного имени Ночка. В русской традиции такие имена давали детям, родившимся ночью, или тем, кого назвали по времени суток в качестве оберега. Славяне верили, что имя-прозвище отвлечёт злых духов от настоящего имени. Основа Ночка — уменьшительная форма от слова «ночь», и она могла принадлежать ребёнку, появившемуся на свет в тёмное время суток, или человеку, который работал или бодрствовал по ночам, например, сторожу.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ночкина буквально означает «дочь или жена Ночки». По этой же модели образованы многие русские фамилии от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я: например, Сытина (от Сыта), Кузьмина (от Кузьма). Ударение в фамилии обычно падает на первый слог — Нóчкина, хотя в некоторых говорах возможно смещение на второй.

Географически фамилия Ночкина встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где были сильны традиции прозвищных имён. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с этой фамилией, что говорит о её недворянском происхождении. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных церковных имён, Ночкина сохранила связь с бытовым, народным прозвищем.

Есть и более редкая версия: в некоторых диалектах «ночка» могло означать небольшой ночной горшок или светильник, но это маловероятно как источник фамилии — прозвища от названий утвари встречаются реже и обычно имеют другую морфологию. Основное значение остаётся связанным со временем суток. Носительница фамилии Ночкина может считать, что её предок был либо «ночным» человеком по рождению, либо нёс ночную службу.