Фамилия Нофенко — украинская по модели образования, что выдает суффикс -енко, характерный для Поднепровья и Левобережья. Этот суффикс в XVII–XIX веках прикрепляли к основе, обозначая «сына» или «потомка»: Нофенко — буквально «маленький Ноф» или «сын Нофа». Но вот что интересно: основа «Ноф» для славянского именника нехарактерна. В украинских и русских фамилиях на -енко обычно лежат крестильные имена (Иваненко, Гриценко) или прозвища по профессии (Коваленко). Здесь же корень короткий, редкий и звучит не по-славянски.

Скорее всего, Ноф — это усеченная форма библейского имени Ноф, которое встречается в Ветхом Завете как название города (древний Мемфис, по-еврейски Ноф). Но вряд ли предка назвали в честь египетского города напрямую. Вероятнее, что Ноф — это сокращение от какого-то полного имени, например, от Ионафан (Ионафан → Нофан → Ноф) или от греческого имени Нофис. На Украине, особенно в среде еврейского населения, такие сокращения были обычны: от Авраама получали Авру, от Ицхака — Ицу. Ноф могло быть домашним прозвищем, которое затем закрепилось за родом.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть от прозвища, связанного с турецким или татарским словом «ноф» (в некоторых тюркских языках — «мягкий», «нежный»). Однако для украинской антропонимии такая основа экзотична, и следов тюркского влияния в этом регионе обычно ждут на юге, а не в центральных областях, где фамилии на -енко массово фиксировались.

Географически Нофенко — фамилия, которая почти не встречается за пределами Украины и юга России. В дореволюционных метрических книгах ее можно найти в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях. Сословно носители, скорее всего, были казаками или крестьянами — фамилии на -енко редко носили дворяне. Сегодня это редкая фамилия, и её носители, вероятно, потомки одного небольшого рода, где имя Ноф передавалось как родовое прозвище.