Фамилия Ноготушкин — редкий случай, когда прозвище образовано от глагольной основы с помощью не самого типичного для русских фамилий суффикса. Если бы фамилия звучала как Ноготушков, можно было бы предположить, что основа — «ноготок» (уменьшительное от «ноготь»). Но суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, а сама основа «ноготуш-» явно восходит к глаголу «ноготушить».

Что значит «ноготушить»? В русских говорах так называли человека, который давил, тушил ногти — то есть имел привычку грызть ногти или обкусывать заусеницы. В некоторых регионах это слово могло относиться к бездельнику, который от скуки «тушит ногти» (ковыряет, ломает). В любом случае, прозвище Ноготушка дали человеку с заметной привычкой, скорее всего, не самой опрятной. От этого прозвища и пошла фамилия: Ноготушка → сын Ноготушки → Ноготушкин.

Интересно, что модель «глагольная основа + -ушк(а)» для русских прозвищ характерна: вспомните Завертушка, Вертюшка, Топтушка. Но закрепилась она в фамилиях редко. Ноготушкин — один из таких примеров, где прозвище не ушло в небытие, а превратилось в фамилию. Встречается она преимущественно в северных и центральных областях России, особенно в Вологодской и Костромской губерниях, где диалектное слово «ноготушить» было в ходу.

Однокоренных фамилий немного: Ноготков (от «ноготок»), Ногтев (от «ноготь»). Но Ноготушкин стоит особняком — это не про форму ногтя, а про действие. Носитель фамилии мог быть и не грызуном ногтей: прозвище легко переходило по наследству, теряя связь с привычкой первого обладателя.