Фамилия Ноготушкина — редкая и нестандартная. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на застывшую форму, а на процесс образования. Встречается она в основном в северных и центральных областях России, хотя точную географию из-за малочисленности носителей установить трудно.

Словообразовательная модель здесь необычна. Основа «Ноготушк-» содержит суффикс «-ушк-», который в русских фамилиях встречается редко. Обычно такой суффикс придаёт слову уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок. Если фамилия образована от прозвища, то исходной формой могло быть «Ноготок» или «Ноготь». Тогда «Ноготушка» — это ласкательное производное, вроде «лапушка» от «лапа». В таком случае прозвище могло даваться человеку с какими-то особенностями ногтей (длинные, кривые, слоящиеся) или с необычными пальцами.

Вторая, менее очевидная версия, отсылает к глаголу «ноготь» в диалектном значении. В некоторых говорах «ноготить» означало «притеснять, зажимать, скупиться». Тогда «Ноготушка» — прозвище скупого или придирчивого человека. Эта гипотеза правдоподобна, потому что фамилии на «-ушкин» часто образовывались от бытовых прозвищ с отрицательной характеристикой (ср. Жадобушкин, Плаксушин).

Суффикс «-ин» в конце фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — ноготушкин, то есть «сын Ноготушки» или «человек из семьи Ноготушкиных». Фамилия не дворянская и не крестьянская в сословном смысле — такие «ласкательные» формы чаще встречались в среде однодворцев и государственных крестьян, где прозвища были живыми и неформальными.

Однокоренных фамилий немного: Ноготков, Ногтев, Ногтиков. Но Ноготушкина стоит особняком — она сохранила разговорную, почти фольклорную форму, которую в XVIII–XIX веках редко записывали в документы. Возможно, предок носительницы фамилии был известен в своей деревне именно под этим ласковым или насмешливым прозвищем, которое закрепилось за потомками.