Фамилия Номеркова — женская форма фамилии Номерков. В русской ономастике суффикс -ов- здесь не простой: он указывает на принадлежность, но не по отцу (как в -ович), а по старшему в роду или хозяину. Номерков, скорее всего, образован не от профессии, а от прозвища Номерок. Слово «номер» в русском языке известно с петровских времён, но в народной речи могло означать не только число, но и человека, который любил всё нумеровать, считать или расставлять по порядку — возможно, приказчика, писа́ря или даже кабацкого целовальника, ведшего учёт.

Интересна географическая привязка. Фамилия Номерков встречается в основном в центральных регионах России, особенно в бывших Рязанской и Тамбовской губерниях. Там слово «номер» в XIX веке могло обозначать не только цифру, но и трактирный номер — комнату для постояльцев. Тогда Номерком могли прозвать трактирщика или дворника, который сдавал углы. Модель образования — от существительного с уменьшительным суффиксом -ок (номер → Номерок) и последующего присоединения -ов — типична для прозвищ, а не для крестильных имён.

Вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть в среде старообрядцев, где «номером» называли особый знак на книгах или иконах. Но это скорее догадка, так как письменных источников, подтверждающих такую традицию, нет. В любом случае, корень фамилии — не в имени, а в бытовом прозвище, что делает Номерковых прямыми потомками человека, который чем-то выделялся среди соседей: то ли своей любовью к порядку, то ли ремеслом, связанным с учётом.

Написание с буквой «о» в первом слоге (Номерков, не Нумерков) закрепилось в письменности, хотя в диалектах произношение могло колебаться. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Номе́ркова.