Фамилия Новодворцев отсылает к топониму, но не к одному конкретному месту, а к целому ряду селений с названием Новый Двор или Новодворье. Таких деревень, сёл и даже городских усадеб в России, Беларуси и на Украине десятки. Поэтому предок новодворцевых — это человек, который либо жил в таком Новом Дворе, либо переехал оттуда и получил прозвище Новодворец, то есть «житель Нового Двора». Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе «Новодворец» добавили суффикс -ев, который в русском языке часто заменяет -ов после мягких или шипящих согласных (сравните: кузнец — Кузнецов, но иностранец — Иностранцев).

Интересная деталь: слово «двор» в названии таких поселений могло означать не просто крестьянское подворье, а господскую усадьбу или даже небольшой укреплённый пункт. В XVI–XVII веках «Новыми Дворами» часто называли недавно отстроенные помещичьи усадьбы на новых землях, особенно в западных и южных областях Русского государства. Соответственно, новодворцами могли быть не только крестьяне, но и служилые люди, дворовые или даже мелкопоместные дворяне, получившие надел на новом месте. Фамилия не указывает прямо на сословие, но её географическая основа — одна из самых прозрачных в русской ономастике.

С точки зрения словообразования фамилия Новодворцев стоит в одном ряду с такими же «переселенческими» фамилиями, как Белозерцев (из Белозерска) или Красногорцев. Однако суффикс -ев здесь не случайность: он закрепился именно из-за мягкого звука [ц] в конце основы. Если бы предка звали, скажем, Новодвор — фамилия звучала бы как Новодворов. А форма Новодворцев буквально означает «чей? — новодворцев», то есть сын или потомок Новодворца. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии встречаются в основном в центральных и южных губерниях, особенно в Тамбовской, Рязанской и Воронежской, где было много сел с названием Новый Двор.