Фамилия Новокшенков — один из тех случаев, когда географическое прозвище отца превратилось в наследственное имя. В её основе лежит не имя и не профессия, а указание на место жительства: «новокшеный» или «новокшен» — это человек, который недавно поселился на новом месте, «новый кшен». Слово «кшен» (или «кшень») в русских говорах означало пашню, расчищенный участок земли, новину. Соответственно, «новокшен» — это тот, кто владел или обрабатывал недавно освоенную землю.

Фамилия образована по классической патронимической модели: суффикс -ов добавляется к прозвищу Новокшен, указывая на принадлежность потомку этого человека. Характерно, что в основе лежит не имя (как в случае Иванов или Петров), а прозвищное прилагательное, что встречается реже. В документах XVII–XVIII веков нередко фиксировались крестьяне, записанные как «новокшеные» — так обозначали вновь прибывших поселенцев, которые ещё не успели обрасти хозяйством на старом месте.

Географически фамилия Новокшенков тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской губерниям. Именно там, в зоне подсечно-огневого земледелия, термин «кшень» был в ходу: участок леса выжигали, распахивали, называли «кшеном», а того, кто на нём селился, — «новокшеном». В южных говорах это слово почти не встречалось, поэтому фамилия остаётся преимущественно севернорусской.

Суффиксальная модель -к- в прозвище (Новокшен, а не Новошен) указывает на то, что исходное слово, скорее всего, звучало как «новокша» или «новокшень» — с характерным для северных говоров окончанием. Сравните с фамилиями Кшенников, Кшенёв, где корень тот же, но без приставки «ново-». Новокшенков, таким образом, стоит в ряду фамилий, которые рассказывают не о занятии человека, а о его биографии: он был пришлым, новосёлом, осваивавшим дикую землю. В этом её историческая ценность — она сохранила память о крестьянской миграции и хозяйственном укладе русского Севера.