Фамилия Новокшенова хранит память о важном событии в жизни предка — переходе в православную веру. В её основе лежит прозвище Новокшен, которое образовалось от прилагательного «новый» и глагола «кстить», то есть «крестить». Это прямое указание на человека, который совершил обряд крещения, приняв новую веру.

Скорее всего, основатель рода Новокшеновых был представителем нерусской национальности. Такое прозвище, а затем и фамилию, обычно присваивали тем, кто оставлял старую веру — мусульманство, иудаизм или буддизм — и принимал православие. Это был осознанный и значимый шаг, который менял жизнь человека, и память о нём закрепилась в его именовании навсегда.

Существует и другая, менее распространённая версия. Фамилия могла возникнуть в семинарской среде: её мог получить семинарист в награду за блестящие успехи в учёбе. В этом случае «новокрещеным» называли не по факту обряда, а в переносном смысле, подчёркивая обновление ума и духа через знания. Эта версия правдоподобна, но уступает первой по частоте встречаемости подобных фамилий в документах.

Родственные фамилии — Новокшёнов, Новокщёнов, Новокрещенов. Все они восходят к одному корню и рассказывают одну и ту же историю: предок носителя был крещён или сам принял крещение. Разница в написании объясняется местными говорами и тем, как писарь слышал и записывал прозвище: где-то «кстить» произносили мягко, где-то — с твёрдым «щ».

Прозвище Новокшен закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, вытеснив прежнее, данное при рождении. Со временем оно легло в основу фамилии Новокшенова. Так потомки человека, прошедшего обряд крещения, получили фамилию, которая по сей день хранит память о происхождении рода и важном шаге их предка.