Фамилия Новокшонова образовалась от прозвища Новокшон. Оно восходит к прилагательному «новый» и к глаголу «кстить», т.е. «крестить». Скорее всего, основатель рода Новокшоновых был представителем нерусской национальности и совершил обряд крещения, приняв тем самым православную веру. Такую фамилию обычно присваивали тем, кто оставлял старую веру – мусульманство, иудаизм, буддизм и принимал православие. Не исключено также, что фамилию Новокшонова могла возникнуть в семинарской среде: в таком случае ее мог получить семинарист в награду за блестящие успехи в учебе. К родственным фамилиям относятся: Новокшёнов, Новокщёнов, Новокрещенов и т.п. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Новокшон, со временем получил фамилию Новокшонова.