Фамилия Новокшонов напрямую связана с прозвищем Новокшон — упрощённой, народной формой слова «новокрещён». Так на Руси называли людей, которые оставили прежнюю веру (мусульманство, иудаизм, буддизм) и приняли православие. Родственные фамилии того же корня — Новокрешёнов, Новокщёнов, Новокрещёнов.

Разберём словообразовательную модель. Основа прозвища — сочетание прилагательного «новый» и глагола «крестить». Суффикс -он- в данном случае — результат фонетического упрощения: сочетание «крещён» в живой речи редуцировалось до «кшон». Это типичный пример того, как церковнославянское или книжное слово адаптировалось в крестьянской среде. Фамильный суффикс -ов указывает на принадлежность: Новокшонов — сын, потомок Новокшона.

Скорее всего, основатель рода был представителем нерусской национальности и совершил обряд крещения. Но важно понимать исторический контекст: в XVIII–XIX веках, во время массовой христианизации народов Поволжья и Сибири, новокрещёным давали налоговые и другие льготы. Этот приметный признак выделял их из среды крестьянства и закреплялся в качестве именования. Прозвище Новокшон (или Новокшоный) становилось наиболее употребительным, а со временем легло в основу фамилии.

География бытования фамилии подтверждает эту версию. В Книге памяти Республики Башкортостан упоминается Александр Данилович Новокшонов, родившийся в 1907 году в Уфе. В Книге памяти Кировской области — Афанасий Сергеевич Новокшонов, родившийся в 1880 году в деревне Беляки Верхошижемского района, и Василий Романович Новокшонов, родившийся в 1900 году в деревне Древо Халтуринского района. Эти регионы — как раз зона активной миссионерской деятельности и крещения местных народов: марийцев, удмуртов, татар, коми.

Интересная деталь: написание фамилии колебалось. В документах встречается и форма «Новокшонов», и «Новокшоный» как прозвище. Путаница с гласной после «к» (о/ё) отражает живое произношение, где звук редуцировался. Сама фамилия редкая, локальная — она не разошлась широко по России, а закрепилась в основном в вятском и уфимском регионах, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: если ваш предок Новокшонов, с высокой вероятностью его корни — в крещёных народах Поволжья или Вятской земли.