Фамилия Новокшанов — редкий случай в русской ономастике, где прозвище, лёгшее в основу рода, сохранило прямую отсылку к событию, а не к профессии или внешности. В её основе лежит прозвище Новокшан, которое образовано от прилагательного «новый» и диалектного глагола «кстить», то есть «крестить». Дословно Новокшан — это «новокрещённый», человек, недавно принявший православную веру.

Скорее всего, основатель рода был представителем нерусской национальности — татарином, мордвином или выходцем из народов Поволжья — и совершил обряд крещения, сменив старую веру: мусульманство или язычество. В среде старообрядцев и духовенства такое прозвище закреплялось за теми, кто оставлял прежнее вероисповедание. Однако есть и вторая версия: семинарская. В духовных училищах фамилию Новокшанов (или Новокрещенов) могли дать ученику в награду за блестящие успехи в учёбе, символически «перекрестив» его из невежества в знание. Эта гипотеза правдоподобна, но менее вероятна: прозвища, связанные с крещением, массово появлялись в среде новокрещёных народов, а не в среде русских семинаристов, где чаще использовали греко-латинские кальки.

Суффикс -анов в фамилии указывает на притяжательную форму: Новокшанов — сын Новокашана, потомок человека с таким прозвищем. По той же модели образованы родственные фамилии: Новокшёнов, Новокщёнов, Новокрещенов, Новокрещённов. Все они — звенья одной цепи, ведущей к обряду крещения. В написании встречается путаница: варианты с «ё» и «е» (Новокшёнов и Новокшанов) отражают разное произношение в говорах, но суть остаётся той же.

Прозвище Новокшан закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем, по обычной русской модели, легло в основу фамилии. Так потомок человека, когда-то принявшего крещение, получил фамилию, которая веками напоминала о поворотном моменте в жизни его предка.