Фамилия Новокщёнова образована от прозвища Новокщёный, которое является упрощенной формой прозвища Новокрещённый. Скорее всего, предок Новокщёновых был представителем нерусских национальностей, совершившим обряд крещения и принявшими тем самым православную веру. Во времена крещения народов Поволжья и Сибири новокрещённым давали налоговые и другие льготы, этот приметный признак, выделяя их из среды крестьянства, послужил причиной именования. Около середины XVI века в связи с массовым исходом казанцев на русскую службу в результате гибели Казани и Казанского царства образовалось много родов новокрещёнов — татар: Будай Яковлевич Новокрещёнов; Никита Новокрещёнов, стрелецкий голова, в 1556 году участвовавший в войнах Ивана Грозного под Выборгом; Афанасий Новокрещёнов, также стрелецкий голова в войне в Прибалтике в 1558 году. Интересен и тот факт, что в Арбажском районе Кировской области была деревня Короли, половина жителей которой носила фамилию Новокщёновы. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Новокщеный, со временем получил фамилию Новокщёнова.