Фамилия Новакшенова — редкий случай, когда в одном слове соединились две разные словообразовательные модели, польская и русская. Основа здесь — Новак, одна из самых распространённых славянских фамилий, образованная от прилагательного «новый». Новаком в Польше, Чехии, Словакии, на Украине и в Белоруссии называли новосёла, нового человека в общине, пришлого поселенца. Фамилия Новак по частотности в Польше стоит на первом месте, как в России Иванов.

Но форма Новакшенова выдаёт не польскую, а русскую обработку. Суффикс -шен- — довольно редкий вариант патронимического суффикса -ов-/-ев- после шипящих и мягких согласных. В русском языке притяжательные прилагательные от основ на -к, -ч, -ц могли давать формы вроде «казацкий», но в фамилиях встречаются и такие переходы: от прозвища Новак — «чей сын?» — Новакшин, а затем, при склонении, женская форма Новакшенова. Второй суффикс -ов- уже стандартный, указывающий на принадлежность роду.

По сути, Новакшенова — это «жена или дочь Новакшина», то есть потомка того самого Новака. Мужской вариант фамилии, Новакшенов, мог закрепиться в тех регионах, где фамилии на -шенов встречаются чаще: в Поволжье, на Урале или в северных говорах, где диалектная фонетика смягчала и перестраивала суффиксы.

Вероятнее всего, предок носительницы фамилии был не просто новосёлом, а человеком, чьё прозвище Новак записали в документы уже в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии. Имя или прозвище Новак могло закрепиться за целой семьёй, а при оформлении метрических книг писарь, следуя местной произносительной норме, записал не стандартное Новаков, а диалектное Новакшенов.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская. Дворянские роды с таким окончанием практически неизвестны — слишком «простая» основа и редкая суффиксальная форма, характерная для народной, не книжной традиции образования фамилий.