Фамилия Новакина — женская форма, а её мужской вариант — Новакин. Она образована по стандартной русской модели отчества или прозвища с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Новаки, то есть потомок человека по прозвищу Новака.

Само прозвище Новака — скорее всего, южнославянского или западнославянского происхождения. В польском, чешском, украинском и белорусском языках «новак» (nowak, новак) означает «новичок», «новый человек» — тот, кто недавно поселился в деревне, пришёл на новое место, или же младший в роду, недавно родившийся. В русском языке это слово тоже встречалось, но реже: в северных и центральных говорах «новак» могли назвать неопытного молодого работника или солдата-новобранца.

Географически фамилия Новакин (и Новакина) чаще всего встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — в регионах, куда в XVII–XIX веках активно переселялись крестьяне из западных губерний, в том числе белорусы и украинцы. Именно переселенцев и называли «новаками» на новом месте. Поэтому предки современных Новакиных, скорее всего, были не коренными жителями, а теми, кто когда-то пришёл «на новину» — осваивать необжитые земли.

Споров вокруг происхождения фамилии почти нет: версия с «новичком» самая прямая и логичная. Иногда её путают с фамилией Новиков (от «новик» — молодой дворянин или рекрут), но Новакин — самостоятельная форма с тем же корнем, но другим суффиксом, что указывает на диалектное или национальное произношение основы.