Фамилия Новакова образована от прозвища Новак, а оно, в свою очередь, восходит к прилагательному «новый». В старину Новаком называли всякого новичка: пришельца, новожила, того, кто недавно поселился на новом месте. Это прозвище давали не по возрасту и не по характеру, а по факту недавнего появления в общине. Человек мог прожить в деревне двадцать лет, но память о том, что он пришлый, сохранялась в прозвище на всю жизнь, а затем переходила и к его детям.

Разбираем словообразовательную модель. Основа — Новак, к ней добавлен типичный русский суффикс принадлежности -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Получается отчество-притяжательность: Новаков — сын Новака. Женская форма Новакова — это либо жена, либо дочь Новакова, и в современном употреблении она закрепилась за женщинами как неизменяемая фамилия. Мужской вариант — Новаков, и обе формы живут параллельно.

Нельзя исключать и топонимическую версию. Если основатель рода жил в селе или деревне с названием Новаково (такие встречаются в разных регионах России), то при переезде он мог получить прозвище Новак — по месту прежнего жительства. Такой способ идентификации был распространён: крестьянина, перебравшегося из Новакова в соседнюю деревню, соседи звали Новаком, а его дети уже записывались Новаковыми. Обе версии — прозвищная и топонимическая — не противоречат друг другу, обе ведут к одному корню «нов-».

Интересно, что фамилия Новаков и её женская форма Новакова распространены не только в России, но и в Болгарии, Сербии, Словакии и Польше. В славянских языках слово «новак» с тем же значением «новичок» бытует повсеместно, поэтому фамилия возникала независимо в разных землях. В русском контексте она чаще встречается на юге и в центральных областях, где прозвища на -ак были особенно продуктивны.

Родственные фамилии — Новаковский, Новакович, Новак — все они образованы от той же основы, но разными суффиксами, что указывает на разные региональные традиции имяобразования. Если Новаков — чисто русская модель, то Новакович выдает украинское или белорусское влияние, а Новаковский — польское или западнорусское. Таким образом, фамилия Новакова встроена в широкий славянский контекст, и её носительница может проследить связь с общим корнем, не углубляясь в конкретную генеалогию.