Основой фамилии Нойкин послужило мирское имя Нойка. Мирское имя Нойка берет начало от глагола «ныть» со значением «болеть, ломить, изнемогать». Имя Нойка, скорее всего, относится к охранительным именованиям. Так, нарекая младенца Нойкой, родные хотели, чтобы он вырос здоровым и крепким. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нойка, со временем получил фамилию Нойкин. Так, в документах Саратовской области упоминаются Борис Петрович Нойкин, родившийся в 1933 году, Михаил Михайлович Нойкин, родившийся в 1941 году, Петр Сергеевич Нойкин, родившийся в 1892 году, Федосья Степановна Нойкина, родившаяся 1907 году.