Фамилия Нтгаматов — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходную форму. С первого взгляда она кажется искусственной или искажённой, но за ней стоит вполне прозрачная тюркская модель. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно мысленно убрать русский фамильный суффикс -ов и посмотреть на остаток: Нтгамат. Это, скорее всего, запись арабского имени Нигматулла (или Нигматуллах) в упрощённом, «стянутом» виде.

В основе лежит арабское словосочетание «милость Аллаха» (нигмат — «благо, милость» + Аллах). В тюркских языках, особенно среди башкир и татар, имя Нигматулла было популярным и давалось с пожеланием божественного покровительства. В устной речи оно часто сокращалось: выпадали слоги, звуки сливались. Так Нигматулла мог превратиться в Нтгамат или Ногомат. При записи в русских документах (метриках, ревизских сказках) писарь фиксировал это произношение буквально — отсюда и необычное сочетание согласных «нтг» в начале.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Нтгамат добавили суффикс -ов, который в Поволжье и Приуралье оформлял фамилии от тюркских имён («чей?» — сын Нтгамата). Носители такой фамилии — почти наверняка потомки татар или башкир, предок которых носил имя Нигматулла, но в быту его звали сокращённо. Географически фамилия тяготеет к Башкортостану, Татарстану и соседним областям, где были сильны мусульманские традиции и русское делопроизводство.

Сравните с более частыми вариантами той же основы: Нигматуллин, Нигматов, Нигмаджанов. Нтгаматов — самая редкая и «сжатая» форма, возникшая из-за особенностей диалектного произношения и невнимательности писаря. Встречается она в единичных случаях, и её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, где такое усечение имени закрепилось.