Фамилия Нуйкин — редкий пример того, как простое, почти междометное слово становится основой для родового имени. Вопреки расхожему мнению, она образована не от церковного имени, а от живого прозвища Нуйка. В его основе лежит диалектный глагол «нукать» — то есть «гнать, торопить, погонять, ободрять, покрикивая “ну!”». Это слово было в ходу у ямщиков и погонщиков, которые понукали лошадей возгласом «ну!». Поэтому логично предположить, что прозвище Нуйка закрепилось либо за самим ямщиком, либо за человеком суетливым, торопливым, который вечно подгонял и себя, и окружающих. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Нуйкин буквально значит «сын Нуйки», «из семьи Нуйки».

Существует и вторая, менее убедительная версия, которую приводят в старых справочниках. Согласно ей, Нуйка — это просторечная форма редкого крестильного имени Иммануил (в переводе с древнееврейского — «с нами Бог»). В народной среде это имя не прижилось, но его краткие варианты — Мануил, Нуйка — изредка встречались в документах. Покровителем имени считался святой мученик Мануил, пострадавший за веру вместе с Феодосием в 304 году в Сирмии. Однако лингвистически эта гипотеза слабее: переход от Иммануила к Нуйке трудно объяснить, тогда как связь с глаголом «нукать» лежит на поверхности и подтверждается множеством аналогичных прозвищных фамилий.

Фамилия Нуйкин бытует в разных регионах России, но чаще всего встречается в Поволжье и на Урале, где ямская гоньба и извоз были развиты особенно сильно. Это косвенно подтверждает «профессиональную» версию происхождения. Процесс формирования фамилий был долгим, и точное место и время возникновения фамилии Нуйкин сейчас установить сложно, но сам тип — от прозвища с суффиксом -ин — относится к древнейшему пласту русских родовых имен, сложившемуся еще в XV–XVII веках.

Среди известных однофамильцев выделяется Андрей Александрович Нуйкин (родился 14 августа 1931 года в Новосибирске) — российский критик, писатель и публицист. Он окончил Новосибирский государственный педагогический институт, стал кандидатом искусствоведения, входил в Союз писателей СССР и занимал должность секретаря Союза писателей Москвы. В 1993 году он подписал «Письмо 42-х» — публичное обращение группы известных литераторов к согражданам, правительству и президенту РФ по поводу событий октября того года. Его биография показывает, что фамилия, рожденная из ямщицкого окрика, вполне уживается с интеллигентскими занятиями.

Фамилия Нуйкин — это памятник живой народной речи: она сохранила для нас слово, которое сегодня почти вышло из употребления, но триста лет назад звучало на каждой почтовой станции.