Фамилия Нычке — редкий случай, когда прозвище или имя застыло в форме, нехарактерной для русской ономастики. Сразу бросается в глаза окончание -е: в русских фамилиях оно почти не встречается, разве что в украинских на -енко (укороченных до -е) или в польских на -е. Скорее всего, перед нами украинская или западнорусская фамилия, записанная через «е» на конце, что могло быть результатом диалектного произношения или описки в документах.

Основа — «нычк-» — ведет к украинскому слову «ничка» (ночка) или глаголу «ныкати» (прятать, таиться). В украинских говорах «нычка» означала тайник, укромное место, а «ныкатися» — прятаться, скрываться. Прозвище Нычка могли дать человеку скрытному, нелюдимому, либо тому, кто жил в глухом месте, в «нычке». Есть и вторая, менее вероятная версия: от диалектного «нычка» — ночная бабочка (в значении «ночница»), но такое прозвище было бы слишком узким и редким.

Фамилия образована по модели, типичной для украинских фамилий на -а: от прозвища Нычка через патронимический суффикс -енко (Ныченко), который потом мог сократиться до Нычке в устной речи. Либо, что проще, сама фамилия Нычке — это застывшая форма родительного падежа от прозвища Нычка («чей? — Нычке»), что встречается в белорусских и украинских фамилиях (ср. Гришке, Сашке). В любом случае, исходное прозвище — Нычка.

Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины и, возможно, к югу России, куда переселялись украинцы. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении: возможно, прозвище закрепилось за одной семьей в конкретном селе. Известных носителей с такой фамилией нет, и в дореволюционных справочниках она не фигурирует — это типичная «народная» фамилия, не попавшая в дворянские родословные книги.