Фамилия Нюхтина образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Нюхтин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Нюхта. Основа здесь — слово «нюх», но не в современном бытовом смысле «обоняние», а в более широком, переносном. В русских говорах «нюх» означало чутьё, догадливость, умение уловить выгоду или опасность. Прозвище Нюхта могли дать человеку проницательному, догадливому, тому, кто «нюхом чует», где правда, а где польза.

Вторая, менее очевидная версия отталкивается от глагола «нюхать» в его прямом значении. В некоторых регионах «нюхтой» могли в шутку называть табакокура или просто того, кто любил всё вынюхивать, совать нос в чужие дела. Такие прозвища бытовали в крестьянской среде, где меткое слово закреплялось за человеком на всю жизнь, а потом переходило в фамилию. Суффикс -та в прозвище — редкий, он характерен для северных и сибирских говоров (сравните: «топтыга», «верзила»), что даёт намёк на возможное географическое происхождение фамилии из архангельских, вологодских или пермских земель.

С точки зрения социального контекста, Нюхтины — почти наверняка потомки крестьян или посадских людей. Фамилии на -ин в массе своей закрепились за непривилегированными сословиями позже, чем дворянские на -ов/-ев, часто в XVIII–XIX веках, во время переписей. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано — это дополнительно указывает на простонародное происхождение.

Интересно, что ударение в фамилии почти всегда падает на первый слог — Ню́хтина, хотя само слово «нюхта» могло произноситься и с ударением на последний слог в зависимости от местного говора. Родственные фамилии — Нюхов, Нюхарев, Нюхалов — встречаются гораздо реже, что делает Нюхтиных носителями довольно редкого прозвищного корня.